SharePoint の運営は、
「シンプルイズベスト！」
これに尽きると思います。
費用対効果はもちろん、手を加えるほど複雑になり、管理が行き届かなくなり、セキュリティやバージョンアップなどのリスクも高まります。運営ガイドラインもなく各サイトコレクションの管理者に自由に運営を任せてしまうと、中には仕様書などを全く残さずにカスタマイズしまくり、挙句の果てにはその本人はすでに退社…なんて事も。ブラックボックス化されたSharePoint をおそるおそる運営していくようになり、案の定、バージョンアップ時にトラブル続出…というシナリオは容易の想像できるかと思います。
業務上どうしても実装しなければいけない要件以外は極力実装しない方向に持っていくのも一つのテクニックかと思います。カスタマイズのスキルがあるほど陥りやすいのが、実は基本機能を工夫すれば実装できるようなものまで、すぐカスタマイズしてしまったり。
カスタマイズも開発も極力せず、SharePoint の基本機能で構築し、基本機能も極力機能を絞り、アクセス権限もシンプルに。
特に情報共有がメイン用途であれば、極端な話、1サイトに1リスト・1ライブラリさえあれば、十分かなぁとも思っています。
中長期的な運営を考慮するのであれば、SharePoint はシンプルイズベストなんだと思います。